De afdeling Expert Organisatie zal tijdens het voortraject de toekomstige organisatie voorbereiden voor de samenwerking. Dit omvat het afstemmen van de dagelijkse gang van zaken en de organisatie identiteit op die van Mostar Jeugd. Het eindresultaat is een jongerencentrum met de naam “Mostar Jeugdcentrum gemeentenaam” dat volledig afgestemd is op de Mostar Methode. De experts van de afdeling Organisatie zal continu samenwerken met leden en aangesloten organisaties om te zorgen dat alles professioneel verloopt.